Проектирование нового сверхзвукового перехватчика Т-3(позже Су-9) началось в 1953 году. Для сокращения сроков проектирования самолет максимально унифицировали с Су-7.

Крыло — треугольное с герметичными топливными баками кессонами, в которые заливалось топливо. Стреловидность — 60 градусов, размах — 8,54 м. Длина самолета 16,77 м. Для Су-9 предусмотрели комплекс вооружения, состоявший из четырех ракет класса «воздух-воздух» и радиолокационной станции «Алмаз».
26 мая 1956 года летчик-испытатель В.Н. Махалин выполнил на Су-9 первый полет. В ходе испытаний самолет достиг скорости 2100 км/ч, высоты 20100 м, дальность полета составила 1100 км. После этого, всепогодный истребитель- перехватчик Су-9 поступил на вооружение авиации ПВО, строился в 1958-1962 годах. 24 июня 1956 года в Тушино на воздушном параде показали шесть самолетов новых типов, в том числе Су-7 и Су-9.

Музейный Су-9 вышел с авиазавода в августе 1959 года. После 52 полетов (30 час. 25 мин.) летчик Гаров 15 сентября 1960 года поднял Су-9 и посадил на аэродроме Монино. Там самолет поступил на учебную базу ВВИА имени Н.Е. Жуковского, а 1 сентября 1969 года поступил в музей.